Pre-fermente sıvılar (PFJ), silaj fermantasyonunu optimize etmek amacıyla yaygın biçimde kullanılan doğal biyolojik inokulantlardır. Bu çalışmada, yonca, çayır otu ve mısır silajından üretilen PFJ örneklerindeki aktif bakteriyel popülasyonlar, hücresel metabolik aktiviteyi doğrudan yansıtan RNA temelli 16S rRNA Real-Time PCR (RT-qPCR) yöntemiyle değerlendirilmiştir. Çalışma kapsamında hazırlanan bitki ekstrelerine fermantasyonun uyarılması için melas ve glikoz ilave edilerek, karışımlar 30 °C'de 5 gün boyunca anaerobik inkübasyona bırakılmıştır. TRIzol reaktifi ve bead-beating tekniğiyle gerçekleştirilen RNA izolasyonunu takiben cDNA sentezlenmiş ve SYBR Green tabanlı RT-qPCR analizleri yürütülmüştür. Elde edilen moleküler bulgular, tüm PFJ varyantlarında sigmoid karakterli amplifikasyon eğrileri ve hedef genin özgüllüğünü doğrulayan tekil erime (melting curve) pikleri oluştuğunu göstermiştir. Substrat kompozisyonlarına göre değişkenlik sergileyen eşik döngüsü (Ct) verileri incelendiğinde; özellikle zengin fermente edilebilir karbonhidrat profiline sahip mısır silajından üretilen PFJ örneklerinde laktik asit bakterileri kaynaklı en güçlü mikrobiyal aktivite tespit edilmiştir. Yoncadan elde edilen sıvılarda gözlemlenen nispeten yüksek Ct değerleri ise ilgili materyalin doğal hücresel tamponlama kapasitesiyle ilişkilendirilmiştir. Sonuç olarak, inaktif veya ölü hücrelerden kaynaklanabilecek analitik yanılgıları bertaraf eden RNA hedefli bu yaklaşımın, fermentatif sistemlerdeki fonksiyonel mikrobiyatanın karakterizasyonunda son derece özgül, duyarlı ve güvenilir bir yöntem olduğu kanıtlanmıştır.

Pre-fermente sıvı, RNA, 16S rRNA, aktif mikrobiyota, silaj fermantasyonu, RT-qPCR